《生物工程学报》是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的，国内外公开发行的学术期刊。本刊已被美国化学文摘CA、美国生物学文摘BA、美国医学索引IM/MEDLINE、俄罗斯文摘AJ、日本科学技术社数据库JST、英国国际农业与生物科学研究文摘CABI、美国剑桥科学文摘（自然科学卷）CSA(NS)、波兰哥白尼索引IC、荷兰Elsevier的Scopus、荷兰医学文摘EMBASE、中国科学引文数据库、万方数据库及中国电子期刊光盘版等检索系统收录，是中国自然科学核心期刊。主要报道生物工程研究的新发展、新成果、新技术。刊登的内容包括：基因工程、细胞工程、酶工程、生化工程、组织工程、生物制药、生物信息、生物芯片等。2009年对栏目进行重新划分，划分情况如下：
1.
综述（Reviews）：内容要求新颖丰富, 观点明确, 论述恰当, 必须包含作者自己的工作内容和见解；
2.
小综述（Mini-review）：能尽快反映：生物学领域的最新进展的小型综述；
3.
科学进展/名家论坛（Perspective）：邀请生物领域专家对最新生物技术科研成果进行评述；
4.
动物及兽医生物技术（Animal and Veterinary Biotechnology）：转基因动物；动物生物反应器；动物疾病控制、免疫生物技术；
5.
海洋生物技术（Marine Biotechnology）：海洋生物资源；海洋生物基因组学、蛋白质组学和代谢组学；海水养殖生物技术；藻类生物技术；海洋天然产物；海洋生物产品、生物材料和生物能源；
6.
环境生物技术（Environmental Biotechnology）：微生物多样性；分子生物学方法及应用；环境过程的生物监测；污染控制新工艺；生物修复；
7.
工业生物技术（Industrial Biotechnology）：工业酶和微生物；代谢工程与应用；生物催化剂与生物转化；工业生物原料、生物燃料、生物能源和生物基化学品；生物过程工程；生物工程控制及优化；
8.
农业生物技术（Agricultural Biotechnology）：农业功能基因组；植物生物反应器；转基因作物；转基因产品的生物安全及转化；农业重组微生物；
9.
食品生物技术（Food Biotechnology）：食品微生物及功能性食品；转基因食品；食品安全及公众健康；
10.
系统生物技术（Systems Biotechnology）：系统生物学理论在工业、医药、环境、农业生物技术领域的应用；
11.
医学与免疫生物技术（Medical and Immunological Biotechnology）：基因治疗和干细胞治疗RNAi技术及应用；生物标记与诊断；单克隆抗体；工程蛋白和疫苗；
12.
组织工程与细胞培养（Tissue Engineering and Cell Cultivation）：细胞发育与生物材料；干细胞工程；细胞培养工程；
13.
生物技术与方法（Methods in Biotechnology）：生物技术各个领域中的方法学。